La maquinista del tren de la compañía Iryo, que fue embestido por otro convoy en un accidente mortal, intentó desbloquear su tren dos veces antes de buscar asistencia en el centro de control. El accidente resultó en la muerte de 69 personas. Según fuentes cercanas a Iryo, cada intento de reiniciar el sistema de señales de seguridad LZB lleva entre tres y cuatro minutos, pero en esta ocasión no se logró arrancar el tren.

Las fuentes sugieren que la imposibilidad de reinicio podría deberse a una caída del sistema LZB en una distancia de 63 kilómetros, considerada anormal. El tren Iryo se había detenido al encontrar una señal en blanco y, siguiendo el protocolo, inició conversaciones con el centro de control de Adif sobre la reanudación de la marcha.

La maquinista informó al centro de control de la estación de Atocha en Madrid que el tren no permitía reiniciar el sistema y permanecía detenido en la señal de entrada de Urda, Toledo. En ese momento, el tren fue impactado por un tren AVE de la empresa estatal Renfe.